很多企业在面对账目管理方面都会找一家南京代理记账公司办理，这样可以在最大程度节约资金的前提下解决账目上的问题。但是如果在代理记账公司上选择不当，将会直接影响到公司的账目和运程。

1、个别 “代理记账公司”没有代理记账资质(市财政局批准的代理记账许可证、会计上岗证等)，发生问题可以回避责任，损害委托单位的利益。这也是小企业在选择代账服务公司时必须要注意的事项。

2、 财务软件需要到财政局备案方可使用，有的代理记账单位没有采用财政部批准的财务软件来替代手工记账。

3、 有些代理记账公司没有与委托单位签订正式的委托代理合同，对双方的权利、义务缺少明确的规定，在实际工作中遇到异议时，往往无法分清责任。因此在选择代账公司的时候，企业就要更加谨慎。

4、 会计资料交接麻烦、不够规范。代理记账单位在接受委托单位的会计原始凭证及资料时，没有办理交接手续，发现遗失或毁损时无法查找。

5、代理记账单位的日常业务可通过电话沟通，会计不是随时在单位办理和咨询业务。